すみません。
コケって茶ゴケのことですか？
換水時ってガラス面の掃除もしますか？

思いつく点を規模の大小を問わず書き出すとしたら、

・換水によりコケにとっての養分が供給される（浄水器無しなら尚更水道水中の色々も）
・たくさん換水するほど、水中のバクテリア・微生物が排出されちゃう
・ガラス面を掃除してすぐ換水すると、養分的に優位な条件なら、細菌膜より先に茶ゴケがイス取りゲームの勝者となる

一度、茶ゴケが落ち着いている時に、換水はせずにガラス面だけ掃除して、その後のガラス面のコケ推移を観察してみてください。細菌・微生物も含め水質に変化を与えず、貧栄養のまま掃除したなら、しばらくすればまたバクテリアのコーティングが戻ると思うので、そのあとで換水すれば茶ゴケの定着は最小限に抑えられるかも知れません。また、なるべく茶ゴケだけ磨いて、比較的綺麗なところ（バイオフィルム）は磨かない、と言うのも効果的かと思います。
このことは、ライブロックにヒゲゴケが生えてしまうプロセスに通じるところはあると思います。

また、薄い茶ゴケくらいなら、ワラワラリッチで有ればそのうち消えていくと思います。
ワラワラ（細菌〜プランクトン）と言っても、ピコ、ナノ、マイクロ、ミリまで多種多様でほとんどは見えません。そう言った要素を積極的に持ち込んでおくと良いと思いますよ。
維持はまた別の問題ですが（汗）

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