水中ポンプにすれば再起動の心配はなくなりますが、他の心配事も出てきますから今後のシステム構成を考えておいた方がいいと思いますよ。例えば水中ポンプだと水温への影響やポンプ後の配管次第（クーラー通したり、殺菌灯通したり）ではトルク不足になることもあります。信頼性もマグネットポンプの方が上？　でも音とか振動とかのデメリットもあるでしょう。

その配管でキャップから水を注いでサンプ水位を上げてスタートすれば正常運転できると思います。上キャップはそこそこしっかり締めておいてください。
万が一、中間に溜まったエアのせいで始動出来ないなら、吸い込み口先端にキャップをして呼び水注ぎ口から水を入れれば水で満たされます。上下ともキャップしたままで電源ＯＮ→すぐに下のキャップだけ外せば確実に始動できます。
私はイザという時のためにこれを前提にしているので、チーズがポンプの上ではなく、サンプ側の上にあります。なぜかというと前述の「配管内に水を満たす」時にこぼれてもいいようにということです。ポンプの上だと、こぼれるとめんどくさいですから。

大掃除などのようにほぼ完全に水を抜く（吸い込み口より下）ことがあるなら呼び水注ぎ口を設けておいたほうがいいと思います。もちろんＯＦ吐出口からホースつないで自分で吸うなら別ですけど。

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