まず、

> 今まで使っていた砂なのですが使い回し（真水で洗って）って大丈夫ですよね？

これは良く濯いでエアレーションしておけばOKだと思います。
もし以前に砂の一部で硫酸還元が起きていたなら、特に曝気は念入りに。

で、水流回路ですが、アクリル水槽なら穴開け作業は大丈夫ですね？
但し、穴の補強構造は入念に措置してくださいね。穴の部分にアクリル板を足して、更にソケットでサンドウィッチにするとか。

リフジウムは水槽の下に設置かな？
蛍光灯や海藻も入れてエコシステムみたいにするのかな？