通常、デトリタス自体にワラワラするほどは居ないかも知れません。
たまたまデトリタスで遊んでた？くらいかしら。
なので、吸い出しを躊躇するほどのことではないです。

ワラワランドの動画見たかもしれませんが、デトリタスの中にはたまに「プー」（勝手に命名）が遊んでいます。顕微鏡で見ないと確認でませんが、動作が可愛いのです♪

サンプに溜まった分は吸い出し、水槽の方は砂があるなら放置でOKです。
砂があれば各層にワラワラや細菌がいるので、上手く運ばれ、還元に利用されます。
ただ、あまりに目視できるほど砂の上に溜まるなら、それは砂が細かすぎるとか撹拌要因の不足が考えられます。ナチュラルであれば、水流とベントス（ヤドカリ、貝、ナマコ）があれば大丈夫です。

デトリタス自体にバイキンマンは関係ないと思うけど、よほど蓄積した場合に還元反応により内部のORPが低かったり、それにより硫化水素云々の問題はあるかもしれません。それを巻き上げるのが良くないのかと思います。病原菌自体は自然下にもいるので、生体にしてみれば「健康ならば」お茶の子さいさいです。もしそれに負けるなら、病原菌を恨むのではなく、負けた生体を丈夫に維持してあげられなかった飼い主を恨むと良いでしょう♪

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